做基因干扰遇到一个问题,同一个细胞同一个基因,用siRNA做出敲低效果后,用该序列做成shRNA构建到慢病毒载体上就没效果了,是什么原因呢?

By 梧桐树下 at 26 天前 • 0 人收藏 • 78 人看过


1 个回复 | 最后更新于 26 天前
26 天前   # 1

siRNAshRNA在结构上是不一样的,siRNA为化学合成,使用浓度一般为5uM,浓度较高,瞬时转染时如细胞转染效率尚可,瞬时进入细胞中的分子数超过10^8,且不需要经过剪切加工就可和靶点结合,干扰效率高。

将有效的siRNA做成shRNA的形式构建到质粒或病毒载体上进行表达,转录出发夹RNA,再经过一系列酶的剪切加工,才形成可以和靶点结合的干扰RNA。这个过程中可能因进入细胞的外源基因拷贝数低,以及转录加工过程复杂,而导致干扰效果不理想。

另外,单从碱基数上来说,siRNA一般为19ntshRNA一般长度为21nt25nt,所以有效的siRNA,往往有可能会出现并不合适做成shRNA的情况。

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