腺病毒可以在293A细胞中自我复制,因此可参考腺病毒包装过程中的扩增步骤进行病毒扩增,可以不用重新包毒。
慢病毒感染细胞用puromycin筛选得到稳转株之后,需要定期使用含有puromycin的培养基培养细胞,以免出现基因丢失的情况。建议后期培养浓度可以按照1/10~1/2的筛选浓度。
siRNA和shRNA在结构上是不一样的,siRNA为化学合成,使用浓度一般为5μM,浓度较高,如细胞转染效率尚可,瞬时进入细胞中的分子数超过10^8,且不需要经过剪切加工就可和靶点结合,干扰效率高。
shRNA则是将干扰基因克隆到载体上,经过病毒整合(慢病毒)或非整合(腺病毒,腺相关病毒)进入到细胞后,转录形成发夹RNA,再经过一系列酶的剪切加工,才形成可以和靶点结合的干扰RNA。这个过程中因为拷贝数低(如慢病毒需要整合基因组),转录加工过程复杂,会导致干扰效果不理想。
另外,单从碱基数上来说,siRNA一般为19nt, shRNA一般长度为21nt或25nt
我想做诱导因素对某一个启动子活性的调节作用,这种应该是用什么荧光素酶载体呢?
我用sirna来做敲低,发现用量低的反而比用量高的siRNA敲低效果要更好,这种情况是正常的吗?
自己做双荧光素酶实验,最后检测的荧光值很低,只有几十到几百是什么原因?
这个需要看情况,如果预测位点是转录因子的结合位点的话,进行突变后可能会降低了转录效率,LUC表达减少,LUC值就随之降低了;如果预测位点不是的话,可能影响不大。做预测结合位点突变,也正是验证二者具体结合位点的方法