为什么我做实验用腺相关病毒( aav) 体外感染效率很低 (AAV 在细胞上的表达远比不上在动物体内的表达)?
想咨询一下,你们公司小鼠逆转录病毒转染CD4 T细胞的推荐MOI是多少呀,因为试用装的体积太少,我们不够试很多梯度,能否给个参考MOI值,我们好设的窄一点,节约病毒
PAM序列不应作为sgRNA的一部分。
AAV一般是可以维持3个月到半年,在这个时间内理论上
可以,要选择化学修饰的siRNA,恰当的修饰能够增加siRNA 的体内稳定性(抵抗核酸酶降解),和对组织的亲和力。
Mimics(双链):模拟生物体内源的miRNAs,
最简单的是可以通过puro筛选检测:于感染后72小时加入工作浓度的嘌呤霉素,培养2-3天,镜下观察,选取细胞存活率较高且细胞状态较好的组,对应为较适宜的MOI值。另外,还可以通过目的基因的qPCR、WB、免疫荧光、免疫组化等方法摸索最佳MOI。
支原体:高倍镜下见小黑点,对PH 值影响较大,细胞换液后很快培养基变黄,换液后有一定改善但是培养后继续增多,可以pcr检测鉴定
黑胶虫:高倍镜下见小黑点,做布朗运动,换液不会改善
一般可用生理盐水稀释
AAV是单链DNA病毒,Adv是双链DNA病毒。AAV病毒基因组入核后要先合成双链DNA,才能开始后面的表达;腺病毒入核就可以开始后面的转录表达,所以两者的表达时间会有差距。如果实验周期短可选择腺病毒,纯化后的腺病毒在体内理论上可维持表达1-3周;如果实验周期较长,则可选择AAV,AAV理论上能在体内维持表达3-6个月。
慢病毒感染细胞用puromycin筛选得到稳转株之后,需要定期使用含有puromycin的培养基培养细胞,以免出现基因丢失的情况。建议后期培养浓度可以按照1/10~1/2的筛选浓度。
干扰表达的是shRNA,是 RNA 水平的表达,载体转染细胞后表达出 RNA,然后行驶功能。Flag是8个氨基酸构成的短肽,氨基酸是蛋白质的基本单位,需要翻译,flag与蛋白一起翻译,可以看做是一个融合蛋白。所以两者不是一个层次的表达,一个是RNA水平,一个是蛋白水平的表达。而 zsgreen、puro 是蛋白基因,表达的时候使用独立的启动子启动表达,是一个不同于RNA表达的单独表达单位,两者在一个载体上表达,互不影响。
circRNA的干扰靶点只能在接头位置设计。如果设计在其它位置可能会影响母基因的表达;为了达到干扰的特异性,只能跨接头设计。
一个FLGA是8个氨基酸,3FLGA就是24个氨基酸;一个氨基酸的平均分子量是0.110 KDa,所以3FLGA大小是2.64KDa;举个例子,一个蛋白是53KDa(P53),加上 3FLGA 标签之后就是55-56KDa。用目的基因抗体检测的时候可能会看到两条带,本底的一条和外源表达的一条,但是很多时候两条带会在一起形成一条比较粗的条带;用 FLGA 抗体检测的时候,只能看到一条外源表达的条带。
空载体上的3FLGA一般是不能表达的,因为一般3FLGA之前不会再特意加上 ATG;就算特意加上ATG了,一是形成的蛋白太短
什么时候动物实验 选择使用腺病毒而不是腺相关病毒
加入腺病毒后,目的细胞死亡很厉害,为什么?
Polybrene 是什么?在慢病毒颗粒感染中, ,Polybrene 添加越多越好吗?
敲入和敲除有什么不同
什么时候需要构建稳转株?稳转株一般要用在什么实验上?
加入 腺 病毒后,目的细胞死亡很厉害,为什么?我要提问
目的细胞用腺病毒感染,但是荧光强度很弱,为什么?
通常在 腺病毒 转移载体中最大能够插入多大的目的基因序列?
腺病毒(adenovirus,Ad)感染后大部分细胞会在36-48h左右GFP或目的基因表达达到峰值,但是对于生长缓慢的细胞,达到峰值的时间会更长。
每种病毒有自己的载体容量,基因的插入会影响位于其下游的荧光蛋白等基因的表达。对照病毒或干扰病毒,由于没有插入基因或者插入基因非常短,荧光通常较强。而插入了较长基因之后,荧光的亮度会随着插入基因的长度以及特殊结构的存在等而减弱,尤其是出现高GC片段,由于影响了转录,荧光强度会大大降低。
首先,确定细胞或病毒是否有污染;其次,确定病毒感染MOI是否过高,调整MOI值,并在感染后的4h、8h对细胞进行观察,若发现细胞状态变差时,则需要使用新鲜的完全培养液替换病毒感染培养液;排除以上因素后细胞状态仍然不好,尝试增加血清含量,观察细胞状态是否好转。如果使用慢病毒(lentivirus,LV)发生同样的情况,也可以参照以上因素进行分析哦。
需要根据细胞大小和增殖的速度调整细胞接种量,以保证在感染后2天左右细胞刚好快长满培养皿底部为宜。针对大部分细胞系:传代周期在2-3天,感染时细胞铺板的密度保持在30-50%左右,则细胞增殖48h后细胞汇合度约在90%左右;针对某些原代细胞:由于细胞增长缓慢,可以在接种时提高汇合度到50-60%左右,但要确保在感染后2天时细胞汇合度达到90-100%;针对非分裂细胞:如神经元细胞,接种后不再增殖,此时可以按照100%的汇合度进行接种
做细胞永生化推荐什么病毒?
启动子活性验证,必须要过表达一个转录因子么?
腺相关病毒(AAV) 注射一次在多长时间内都有敲低/过表达的效果?


能列举下常用蛋白标签有那些以及他们的用途吗,用这些标签会不会增加蛋白的相对分子量?