实验中慢病毒的干扰效果不好的可能原因有哪些？

1）感染效率：感染效率较低也会影响病毒的效果；

2）qPCR的引物设计：推荐qPCR的引物设计在靶点的两侧，siRNA介导的基因敲低是由RISC介导的靶基因的切割导致mRNA的降解，由于切割和降解可能具有不同的时间点，因此同侧的qPCR引物可能导致假阴性。

3）检测时间点：慢病毒需要转染72-96 h后才有好的表达效果，所以最早是72h开始检测mRNA水平的变化，通常是瞬转筛选出有效序列后再进行稳筛，因为不同的整合位点决定了外源片段在染色体中的稳定性，有些区域易发生重组或者丢失，从而使稳转株筛选后出现丢失的现象，或者有些基因受到基因调控比较严格，不适合稳筛，稳筛后出现基因回调导致稳筛效果不好。

4）本底表达量较低（目的基因和内参CT值大于11），这里基因比较难敲降，一般建议更换细胞。

5）病毒由于保存不当或者反复冻融导致病毒失活。

6）干扰靶点不合适。

7）基因本身不适合做敲低，需要更换方法做敲除。