请问不同网站启动子序列差很多正常吗？我根据网上教程用ncbi和ucsc都试了下，发现两个序列差了快400bp，ncbi是序列往前推了2000bp，ucsc是取了上游2000bp。

如果基因名称和物种正确的话，两个网站启动子序列应该差不多的，差400bp应该是有一个网站方法不对。我之前也碰到过类似的情况，问了师姐是ncbi上基因方向搞错了。ncbi里genomic context板块显示基因的箭头，箭头往右，序列往前推2000bp，箭头往左，序列往后推2000bp。ucsc就不会有方向问题，所以一般先用ucsc找，没有再去ncbi查。你看看换个方向两个网站的序列是不是就差不多了。